Difosfato de cloroquina é indicado para a profilaxia e tratamento de ataques agudos de malária devido a P. vivax, P.malariae, P. ovale e cepas suscetíveis de P. falciparum. O medicamento também é indicado para o tratamento da amebíase extra-intestinal.
O difosfato de cloroquina não previne recaídas em pacientes com malária vivax ou malariae porque não é eficaz contra as formas exoeritrocíticas do parasita, nem previne a infecção por vivax ou malariae quando administrado como profilático. É altamente eficaz como agente supressor em pacientes com malária vivax ou malariae, em encerrar ataques agudos e prolongar significativamente o intervalo entre o tratamento e a recidiva. Em pacientes com malária falciparum, abole o ataque agudo e efetua a cura completa da infecção, a menos que seja devido a uma cepa resistente de P. falciparum.